Есть такая проблемка: несмотря на прочтение всех тем в форуме иконка наличия непрочитанных сообщений продолжает гореть еще какое-то время (достаточно продолжительное), пример, http://prntscr.com/7ytcvz при том что все темы в форуме прочитаны.

Темы дезактивируются в текущей сессии только в "Новые сообщения" и "Активные темы"
Cтатистика на главной обновляется только в Новой сессии или клике на "Всё прочитано"

Решение:
Юзайте активные темы http://prntscr.com/7ytm90
или
Сброс сессии > выход с форума или отсутствие серфинга по вкладкам форума в течении 20мин (или 45мин, точно не помню)

Нельзя ли сделать дезактивацию в текущей сессии?

Это можно сделать только на уровне движка.
Как Вариант - при прочтении всех тем кликать на "Все прочитано"